娃娃鱼饵料的消化吸收是由消化器官完成的，消化器官包括消化管和消化腺。娃娃鱼的消化管是一条延长的管道，包括口咽腔、食道、胃和肠等部分，起自口，向后延伸经过腹腔，最后以泄殖腔或肛门开口于体外。娃娃鱼的口腔主要起摄食功能，食道有输送食物的作用及选择食物的功能；胃是消化管最膨大的部分，具有容纳和消化食物的机能；肠分大肠和小肠，是消化食物和吸收养分的主要场所，在肠消化食物过程中，胰腺和肝脏起着极其重要的作用。
　　娃娃鱼的消化腺有两类。一类是埋在消化管壁内的小型消化腺，如胃腺、肠腺等；另一类是位于消化管附近的大型消化腺，如肝脏和胰脏，有输出导管连于消化管上。肝脏位于娃娃鱼体腔前部，不仅是娃娃鱼最大的消化腺，而且是功能最多的新陈代谢器官之一。肝脏分泌的胆汁能使脂肪乳化，以增大脂肪与消化酶的接触面积；激活脂肪酶；使肠腔保持碱性环境；刺激肠管运动；参与蛋白质消化过程。胰脏分外分泌部和内泌部。外分泌部是消化腺，为胰脏主要部分，分泌消化酶。内分泌部为胰岛，分泌胰岛素等激素，胰脏外分泌部能分泌胰蛋白酶、胰脂肪酶、胰淀粉酶和胰麦芽糖酶等。这些消化酶能对饵料中蛋白质、脂肪和糖类物质起消化作用。