娃娃鱼在自然环境下，整个夏、秋季均有成熟个体。根据成都金鲵农业开发有限公司的研究结果分析，娃娃鱼卵巢虽然在一年的大多数时间同时存在着不同时相的卵母细胞，但在成熟前只是部分细胞继续发育，其他细胞发育停滞，成熟产卵后，卵巢经过退化过程而后恢复形成冬季卵巢形态。

另外，从细胞学观察和催产试验结果已证实，娃娃鱼每年都可出现一个繁殖高峰，也排除了隔年成熟的可能。由此我们可认为娃娃鱼应属一年一次产卵类型，也就是说娃娃鱼个体每年都可以繁殖。

夏季是娃娃鱼产卵的季节。 一条雌鱼一年产一次卵，每次可产卵400—500枚，卵色淡黄，被胶质囊串成念珠状。雌鱼产卵完毕急匆匆离去,由雄鱼担当护卵育子的责任。为了保护卵，雄鱼常将念珠状的卵带盘在身上，或把身体蜷曲成半圆形，将粘附在石上的卵带围起来，进行孵化。两三周后，幼鲵出世，雄鱼完成了父亲的责任，不久离洞而去。