养殖娃娃鱼最头疼的就是娃娃鱼患病，娃娃鱼患病其主要原因有水质的影响、环境条件的影响、放养规格大小悬殊的影响、饵料营养不良的影响。注重这几大方面是对患病的最好预防，当娃娃鱼患病时我们也应当急时的去解决，以避免病情的恶化。
　　1、当发现娃娃鱼患病时，应及时将病鱼隔离饲养，如不分开饲养而后患无穷，有可能殃及整个养鱼场。一是病原体在池水中不断扩散，感染其他个体；二是健康个体随时都可吸吮病鱼患处的血液，致使病鱼病情愈加严重，并将病原体传染给健康个体。
　　2、用强氯精0.3至0.4ppm浓度或二氧化氯0.2至0.3ppm浓度全池泼洒，包括栖息陆地、饵料台等，每天一次，连用3至4天为一疗程。
　　3、对病情较重的娃娃鱼，先用15至25ppm浓度高锰酸钾或0.3至0.5ppm孔雀石绿溶液浸洗病鱼15～20分钟，并彻底清洗创伤表面的附着物，随后用消治龙软膏或硫磺软膏等消炎药物涂敷患处，每天一次，4至7天可治愈。
　　4、用氯霉素2至3g十卡那原粉2g+Vc2g+Ve2g+Vb2g每公斤体重用药量，将上述药物均匀拌入饵料中投喂，连用3至4天。