四川娃娃鱼养殖业的发展已有几十年的发展经验，在养殖技术层面上来说，是在不断的提升的，四川娃娃鱼养殖成活率也比之前的要高出许多。处理四川娃娃鱼养殖过程中所遭遇的疾病时，大部分有经验的养殖人员已经处理得相当的不错。虽然四川娃娃鱼养殖业一直在进步，但是仍然存在一些问题，一些不足之处：

① 四川娃娃鱼某些病害的病原未深人研究，如白点病、颤抖病等；

② 缺乏防治四川娃娃鱼疾病药物的安全浓度、有效浓度等的研究；

③ 缺乏四川娃娃鱼病害免疫技术的研究。

现行的化学药剂、抗生素等药物为主的病害防治手段存在药效不确切、药物残留、环境污染等诸多弊端，其主要原因是水产产物研究基础严重不足，盲用、滥用药物现象普遍存在。目前生产上使用渔药大部分由兽药、农药移植而来，缺乏对药效学、药物代谢运动学、毒理学及对养殖生态环境的影响等基础理论的研究；药物的给药剂量、用药程序、针对性开展应用研究，因而难以多到高效用药和安全用药。此外，由于四川娃娃鱼疾病的病因多，涵盖了养殖生物体、病原、环境等几者关系平衡破坏而导致的病变，仅靠药物单一技术是解决不了综合问题的。就药物对病原而言，存在抗寄生虫药毒性大、抗细菌药的抗药性等难题。

所以四川娃娃鱼养殖业想要进一步的提升养殖水平，提高养殖效率，还需要进行不断的研究。